Funkcja portowa jest najstarszą funkcją miastotwórczą Kołobrzegu, choć miasto rozwijało się w oderwaniu od portu. 18 marca 1945 roku Fort Ujście w porcie był ostatnim punktem oporu wojsk niemieckich w czasie obrony Twierdzy Kołobrzeg, do ostatnich dni obrony poprzez port trwała ewakuacja niemieckich żołnierzy i cywilów. W 1964 Minister Żeglugi ustanowił formalnie w Kołobrzegu port morski. W 1996 r. połączono zarządzanie miastem i portem tworząc Zarząd Portu Morskiego Kołobrzeg. Port w Kołobrzegu usytuowany jest w ujściu rzeki Parsęty, wejście osłaniają dwa falochrony o długościach: wschodni - 308 m i zachodni o długości 205 m. Szerokość wejścia na wysokości zachodniego falochronu wynosi 47 m i zwęża się do 24 m, do portu mogą wchodzić statki o maksymalnej długości do 85 m i zanurzeniu 4,7 m.
Obecnie kończą są prace mające na celu poszerzenie wejścia do portu, co pozwoli na przyjmowanie jednostek o dł. do ok. 90 (czyli zmianę z obecnych 2000 DWT na 3000 DWT). Port w Kołobrzegu posiada 4918 m nabrzeży, z czego nabrzeża przeładunkowe posiadają 5 i 16 tonowe dźwigi. W porcie znajduje się także elewator zbożowy o pojemności 5900 ton oraz ok. 30 tyś m2 powierzchni magazynowych. Port w Kołobrzegu jest szóstym pod względem wielkości morskim portem handlowym w Polsce. Rocznie przeładowuj się tu ok. 150 tys. ton ładunków. W przeładunkach grupą dominującą są inne ładunki masowe oraz drobnica. W Kołobrzegu stacjonuje także ok. 60 kutrów rybackich, których obsługa jest jednym z podstawowych zadań portu.
Kołobrzeg to także port turystyczny, gdzie oprócz krótkich rejsów wycieczkowych oferowane jest także całoroczne połączenie z duńskim miastem Nexo lezącym na oddalonej o ok. 100 km Wyspie Bornholm. Operatorem tego połączenia jest Kołobrzeska Żegluga Pasażerska, która od tego celu z 2005 roku zakupiła i gruntowanie wyremontowała pojemny katamaran pasażerski Jantar (w poprzednich latach serwis był operowany w oparciu o wodolot Delfin I). Port jachtowy w Kołobrzegu umiejscowiony jest przy ujściu rzeki Parsęty do kanału portowego, na Wyspie Solnej. Jednocześnie może być w nim obsługiwanych ok. 50 jachtów. W Kołobrzegu mieści się siedziba znanego narodowego przewoźnika promowego Polskiej Żeglugi Bałtyckiej występującej pod marką handlową Polferries. Firma ta zarządza także Portem Handlowym w Kołobrzegu. W porcie działają nabrzeża przeładunkowe, dwie stocznie, Lokalne Centrum Pierwszej Sprzedaży Ryb. W Kołobrzegu znajduje się brzegowa stacja ratownicza SAR oraz morskie przejście graniczne.
